Paléontologie animale (paléozoologie)
L’ensemble paléontologique est constitué de pièces de provenances locales. Il comprend notamment deux ichtyosaures, dont un spécimen particulièrement bien conservé et une série d’oursins fossilisés.
Avec l’entomologie et l’ornithologie, l’étude et la collection des fossiles sont l’une des plus anciennes passions de Henri Dupuis. D’après son ami Jules butor, il arpentait la région et collectait lui-même les spécimens susceptibles d’enrichir sa collection. De fait, on trouve exclusivement ou presque des fossiles de provenance locale.
Une grande pièce leur était consacrée au 2e étage ; ce n’est qu’en 1895 qu’ils furent déplacés au premier pour l’ouverture au public. La quasi totalité des fossiles provient des bancs calcaires du littoral et se composent logiquement d’animaux marins. Parmi les séries les plus importantes, signalons les tests d’oursin, les ammonites et les étoiles de mer. Cette partie du legs fut d’autant plus importante pour la ville que le muséum ne possédait que très peu de spécimens en 1889.
Un autre ensemble fossile est celui de la paléoflore (un millier de spécimens), constitué à partir des nombreuses découvertes réalisées dans les mines de charbon de la région. L’état des inventaires ne permet pas de déterminer s’ils proviennent de la collection d’Henri Dupuis, mais c’est probable.