C’est la section la plus impressionnante du musée Dupuis. Avec environ 20.000 coquillages de toutes les mers du globe, cet ensemble scénographié dans d’immenses vitrines toujours en place est l’un des premiers d’Europe voire du monde. Il attend encore d’être étudié en profondeur.

La collection de coquillages est l’ensemble principal de Henri Dupuis. Celui-ci aurait réuni quarante-mille coquilles maritimes, fluviales et terrestres. Sont aujourd’hui conservés 20 000 coquillages maritimes. En revanche, l’on ne sait guère à quoi peuvent correspondre les 20 000 coquilles fluviales et terrestres auxquelles une salle à part était consacrée au même étage ; elle a été vidée à une date inconnue ; un certain nombre de caisses de coquillages sans socles ni étiquettes pourraient être une partie de cet ensemble.

Par sa taille, sa représentativité mondiale et la qualité des spécimens, la collection de conchyliologie est d’intérêt mondial. Elle est rangée selon le critère de l’époque qui était le nombre de parties de la coquilles (une, deux ou plus), à savoir les univalves, les bivalves et les multivalves. Le découpage actuel des classes de mollusques ne tient plus compte de ces caractéristiques.

D’après Jules Butor, c’est pour se distraire de la mort de son père qu’Henri Dupuis commença à collectionner les coquillages avec frénésie. Il se forma un réseau de collectionneurs et de connaisseurs s’étendant à Paris, Londres, aux Pays-Bas et à l’Egypte. Le petit fonds d’archives que l’on conserve d’Henri Dupuis concerne essentiellement les coquillages. On y trouve un registre de la correspondance envoyée aux vendeurs, des listes de coquillages qu’il leur acheta et des inventaires partiels indiquant soit le milieu de vie des spécimens, soit le nom du vendeur. Le principal d’entre eux est George Brettingham Sowerby III (1843-1921), qui vendit à Dupuis une petite moitié des 4600 coquillages mentionnés dans les listes d’achat. Sowerby était membre de la 4^e génération d’une importante famille anglaise de naturalistes, principalement spécialiste de conchyliologie. Il travailla ainsi à l’ouvrage de son père et de son grand-père, le Thesaurus Conchyliorium.

Pour déployer dans de bonnes conditions cet immense assemblage de coquillages, Henri Dupuis, fait bâtir l’actuelle aile nord et place les coquillages marins au premier étage.. Afin de mieux faire comprendre la nature des coquillages, certains sont coupés longitudinalement, ce qui permet de comprendre leur structure intérieure. Quelques peintures sur verre schématisent la constitution de certains mollusques ou permettent de représenter les partie molles des spécimens, non conservées.